从分子结构上来说，单过硫酸氢钾与过氧乙酸极其相似，过氧键分别与硫原子、碳原子连接，过硫酸氢钾是无机物，其消毒有效成分是单过硫酸根离子，它可将微生物的蛋白质氧化，导致微生物死亡。单过硫酸氢钾是中性盐，其水溶液的酸性是由于复合盐中硫酸氢钾溶解产生氢离子造成的。

但是过硫酸氢钾在酸性条件下稳定性要远远好于中性条件，在碱性条件下则会快速分解。复配后的过硫酸氢钾复合盐，是将氯化钠、有机酸与过硫酸氢钾制成的单过硫酸氢钾复合盐消毒剂，在水溶液中，利用单过硫酸氢钾特殊的氧化能力，在水中发生链式反应，不断产生新生态氧、次氯酸、自由羟基三者均可以同时杀灭微生物，故溶解后达到了大限度的协同杀菌作用，所以单过硫酸氢钾复合盐的杀菌相比其他成分的杀毒剂。

同时在杀灭菌生物后放出的氯化物又会被单过硫酸氢钾的活性氧化为次氯酸和自由羟基，持久地发生作用。所以过硫酸氢钾复合盐在消毒功能上具有广谱、快速、持久、安全的特点。